La Maison Carrée ouvre au public en 1999.

Elle abrite d’abord l’Office de tourisme, qui quittera les lieux en 2004. Au cours de l’année 1999, le bâtiment accueille également une partie des collections du Musée Béarnais, durant les travaux du Château de Pau, l’autre partie se trouvant à Oloron. La structure s’enrichit, dans la foulée, d’expositions temporaires et d’animations culturelles.

En 2009, le Musée Béarnais est remplacé par le Musée de l’Industrie (ou Musée du Patrimoine Industriel en Pays de Nay), relatant le paysage industriel du Pays de Nay, du XVI^e siècle aux périodes contemporaines. Alors voué à une existence temporaire de quelques années, il restera finalement 14 ans dans les salles du premier étage de l’édifice.

En 2023, les salles d’exposition permanentes sont mises à nu afin de mettre en place à une nouvelle muséographie attendue depuis de nombreuses années : l’exposition permanente de la Maison Carrée relatant son histoire et celle de Nay.

Aujourd’hui, la structure accueille environ 15 000 personnes par an autour du Musée, de ses expositions temporaires et de ses animations culturelles.